Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
DKK3Q9UBP4 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms