Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP47Q96K76 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP47Q96K76 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms