Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ZNF540Q8NDQ6 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.5 ms