Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
VPS54Q9P1Q0 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms