Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC87Q9NVE4 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms