Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS54Q9P1Q0 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms