Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
ATG4BQ9Y4P1 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms