Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CLN3Q13286 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
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