Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
SDC1P18827 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SDC1P18827 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SDC1P18827 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms