Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms