Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms