Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
LIMCH1Q9UPQ0 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms