Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms