Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms