Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL3A1P02461 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL3A1P02461 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL3A1P02461 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL3A1P02461 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL3A1P02461 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms