Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

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Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
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CLIP4Q8N3C7 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLIP4Q8N3C7 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61 ms