Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
SYNE3Q6ZMZ3 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms