Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LIG1P18858 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LIG1P18858 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms