Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
HLA-CQ95604 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms