Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms