Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
HOXC9P31274 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms