Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
LIMA1Q9UHB6 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIMA1Q9UHB6 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms