Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms