Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMD1Q9UGP4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIMD1Q9UGP4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIMD1Q9UGP4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms