Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
DDX28Q9NUL7 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
DDX28Q9NUL7 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.8 ms