Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM4Q9C037 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM4Q9C037 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM4Q9C037 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms