Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM54Q9BYV2 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM54Q9BYV2 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM54Q9BYV2 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms