Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HMGB4Q8WW32 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HMGB4Q8WW32 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms