Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC32.72■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC32.71■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC32.7■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC32.7■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC32.7■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC32.69■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC32.69■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC32.68■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC32.68■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC32.68■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC32.65■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
USP54Q70EL1 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
USP54Q70EL1 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC32.56■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC32.56■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC32.53■■■□□ 2.8
USP54Q70EL1 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms