Protein–RNA interactions for Protein: P0CW20

LIMS4, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS4P0CW20 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS4P0CW20 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMS4P0CW20 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMS4P0CW20 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms