Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC32.22■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.21■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC32.21■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC32.2■■■□□ 2.75
COL3A1P02461 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC32.17■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL3A1P02461 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
COL3A1P02461 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC32.05■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
COL3A1P02461 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms