Protein–RNA interactions for Protein: O43542

XRCC3, DNA repair protein XRCC3, humanhuman

Predictions only

Length 346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC3O43542 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
XRCC3O43542 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
XRCC3O43542 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
XRCC3O43542 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms