Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms