Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP3Q7Z494 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms