Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms