Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SDC1P18827 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms