Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC87Q9NVE4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.6 ms