Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms