Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL18A1P39060 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL18A1P39060 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms