Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
NPHP3Q7Z494 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms