Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
TRIM54Q9BYV2 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
TRIM54Q9BYV2 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
TRIM54Q9BYV2 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.3 ms