Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms