Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
SCN1BQ07699 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
SCN1BQ07699 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms