Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG3P49916 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG3P49916 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
LIG3P49916 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
LIG3P49916 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
LIG3P49916 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
LIG3P49916 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms