Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
DKK3Q9UBP4 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms