Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms