Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 123.1 ms