Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms