Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms