Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms