Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms